Bereits im 13.Jahrhundert dürfte an dieser Stelle eine romanische Kirche errichtet worden sein. 200 Jahre später erfolgte ein gotischer Bau mit spitzbogigen Fenstern, Gewölben und Türstöcken. Aus dieser Zeit stammen der Kirchturm und die gotische Madonnenfigur links oben im Kirchenschiff.
In der heutigen barocken Form besteht die Pfarrkirche seit dem Jahre 1756. Die Wandgemälde stammen von Matthias Kirchner aus Kitzbühel. Das Hochaltarbild wurde im Jahr 1868 von Johann Nep. Strasser gemalt. Es zeigt die beiden Kirchenpartone über Scheffau.

1980 wurde die Kirche das letzte Mal außen renoviert. 2001/02 folgte die groß angelegte Innenrenovierung. Neu angefertigt wurden dabei der Volksaltar, der Ambo und der Taufstein aus hellem italienischen Marmor, sowie der Beichtstuhl und das Hauptportal aus Holz. Besonders einladend wirken der neue Vorbau (Windfang) und der Aufgang vom Gemeindehaus.

Der Krichenführer liegt in der Pfarrkirche Scheffau am Schriftenstand auf.

Die Wallfahrtskirche steht an der Strasse zum Hintersteiner See. Die kleine Kapelle daneben ist die ursprüngliche Gnadenkapelle, die bereits im Jahr 1693 errichtet wurde. 1765 wurde das Gnadenbild in die neue Kapelle übertragen. Aus dem Jahr 1767 stammen die Kreuzwegbilder.
Jahrhunderte lang fanden die Menschen aus nah und fern in der Bärnstattkapelle Trost und Hilfe. Zahlreiche Votivtafeln in der Kirche geben davon Zeugnis.

1954 wurde die Kapelle außen renoviert. 1994 erfolgte der Einbau der Empore und die Innenrenovierung.

Großen Anklang findet auch heute noch die alljährliche Leonhardiwallfahrt am 6.November, wo besonders dem Hl. Leonhard, dem Schutzpatron des Viehs und der Pferde, gedacht wird.